对牙齿的囊肿如果是含牙囊肿，一般建议进行手术治疗。手术治疗是选择门诊还是选择住院治疗，一般是要根据囊肿的大小部位立来分析手术的难度和刺激性来进行决策。含牙囊肿为牙齿发育过程中，由正常牙滤泡发展而来，由于釉质器的星形网层发生囊肿样变性，牙滤泡周围液体渗入牙冠与上皮之间而成，年轻病人多见。
对于比较小的牙齿的囊肿，可以在局部麻醉下门诊就可以进行，先是通过术前X线片子评估牙齿囊肿的大小和范围跟临近牙齿的的关系，制定一定的手术方案。手术实施的时候，一般是在局部进行浸润麻醉或者是传导麻醉，切开牙龈，进行局部的翻拌，显露相应部位的骨质。如果局部骨质比较厚，可以用电动钻或涡轮机去除一部分骨质，这样可以暴露牙齿囊肿的囊座壁。在暴露牙齿囊肿以后用专用的刮制装置可以把囊壁和其中包括的牙齿进行刮除，牙齿拔除。
有些患者为了保持局部骨恢复，还要进行局部的植骨，然后进行牙龈伤口的复位，缝合，术后要对患者加强口腔卫生的管理，适活当的使用一些消炎杀菌类的药物来避免伤口的感染。一般术后7天左右可以复诊拆线，在拆线以后通常也要拍X线片子，了解局部骨质恢复的情况，及时的发现可能存在的问题，来进行二次的处理。
如果牙齿的囊肿是根尖囊肿，跟牙齿有一定的关系，还要注意进行牙齿的根管治疗，也就是杀神经，把牙齿的根管进行严密的3充填。在根管治疗以后观察一段时间，如果囊肿变小消失，就可以正常的进行观察，如果囊肿没有变小，可能还需要做牙齿的根尖切除手术，去除牙齿根尖以外的囊肿。
