智齿的阻生或错位易使食物残渣嵌塞在第二磨牙与智齿的牙间和牙周缝隙中，很不容易清除，常发生龋齿。据调查；下颌第二磨牙牙颈部平均龋患率为16.4%，不同年龄阶段龋患率有显著不同，20岁时仅为3.7%，50岁则高达27%。可见，拔除阻生或错位智齿是预防第二磨牙龋坏的关键，而且对已发生的较浅的龋变也可能使其不再发展。
1、牙列不齐
14-18岁是智齿萌生的最活跃时期，但因颌骨骨量与牙量间的不平衡，可供智齿萌出的空间是有限的。因此，智齿萌出运动的推动力常是造成牙齿拥挤和排列不整齐的主要原因之一。这种萌出运动的持续推动力只要有4～5克，就足以对第二磨牙产生影响。因此，第二磨牙发生错位，扭转等较为多见，约占牙颌畸形患者的20%左右，其中约有80%发生在下颌第二磨牙；以青少年居多，女性约是男性的1.6倍，第二磨牙的错位，会使上下方的咬颌接触面积减少，人的咀嚼功能明显降低。
2、造成牙槽骨的炎症性吸收
下颌智齿的牙胚在发育过程中，牙的长轴本来是向前方倾斜的，只是在有足够下颌发育时才逐渐直立萌出，当萌出过程中受阻于第二磨牙时，该处就会产生附着第二磨牙牙根表面的毁齿细胞。毁齿细胞可释放出溶蛋白酶而使牙根逐渐吸收，严重者可使下颌第二磨牙远中牙根完全吸收。而且阻生智齿与第二磨牙间常存在的慢性牙周炎也会造成牙槽骨的炎症性吸收。
3、颞颌关节絮乱症
下颌智齿的阻生或错位常会与上颌第二磨牙发生咬颌干扰而导致下颌病理性后缩，这是诱发颞颌颌紊乱症的原因之一。临床主要表现为颞下颌关节的弹响、疼痛和下颌运动的异常，咀嚼肌的疼痛、耳鸣、舌痛等症状。许多患者在拔除阻生或错位的智齿后，由于阻断了诱发颞颌关节紊乱的潜在因素而取得了明显疗效。
4、智齿周围囊性病变
颌骨的牙源性囊性病变好发于未萌出的埋伏牙，而下颌智齿萌出受阻的机率又最高，显然是主要的好发部位，当囊肿发展到一定程度度，颌骨可发生膨隆变形，遇有继发感染，还会反复肿痛，严重者还可造成病理性骨折。