发现食管囊肿，不要太过于惊慌，因为这个疾病是良性的。食管囊肿属于良性的食管占位，主要是先天性胚胎发育过程中的一种畸形，发病率较低，但是如果不及时治疗，也可能诱发一些并发症，导致患者不适。
儿童食管囊肿的主要临床症状为不同程度的呼吸道症状，巨大食管囊肿可以占据一侧胸腔，进而压迫肺，并使纵隔向健侧胸腔移位，引起严重的呼吸窘迫。有时，体积小的食管囊肿也可能造成严重的气道梗阻，主要是因为囊肿的位置，如长在胸廓入口处或气管隆突部位。这种情况就需要紧急处理，如处理不当，会造成孩子因呼吸窘迫，引起死亡。
成人食管囊肿如提及较小，可无明显症状，部分患者是在体检时发现。囊肿较大时可以压迫支气管引起咳嗽、呼吸困难、喘息等呼吸道症状，也有患者存在吞咽困难、食管梗阻等症状。
想要诊断食管囊肿，一般食管X线钡剂造影和食管镜检查结合对疾病的诊断有意义。良性的占位在X线钡剂下可见光滑半圆形充盈缺损，食管镜下食管囊肿最重要表现是可见表面黏膜光滑的球形或半球形隆起，黏膜完整无损、色泽正常。但想要确诊食管囊肿却并非易事，需术后病理才能确诊为食管囊肿。
对于食管囊肿的患者，如果囊肿比较小，可以使用一些消炎的药物，慢慢将囊肿消除，并且需要定期随访观察。对于囊肿体积比较大的，或有明显压迫症状的，需要手术摘除，可在胸腔镜手术下摘除。婴儿发现食管囊肿，常因为囊肿与周围组织粘连，且血运丰富，切除难度较大，可做部分的摘除。
手术后长期随访结果显示，患者无复发，但食管反流、Barrett食管炎的发生率较高。